在1894年9月17日那天长达五个小时的激烈海战中，因为“镇远”舰遭受了日本舰队数百发炮弹的轰击，马吉芬在海战中受到了严重的战伤，包括剧烈的撞击、烧伤和弹片击伤。他的健康和视力受到了不可挽回的重创。但他依然和战友们一起坚持战斗到最后一刻，随同“镇远”舰返回旅顺。