云隐村的龟岛上，鸣人获得九尾CKl后，开启了九尾模式，却意外听得大和队长与阿凯谈论第四次忍界大战的事情，于是对自己此行的目的产生了怀疑，他来到自来也的房间内，发现里面的自来也只是个影分身。

于是心中了然，战争围绕着自己身体内的九尾开始打响，而且由于战事吃紧，自来也被木叶高层要求参战，没奈何自来也只得在凌晨就偷偷的溜走，而且为了让鸣人安心隐蔽，留下了影分身，结果被鸣人的九尾模式看穿。

于是鸣人也将计就计，留下一个影分身，自己则偷偷的离开龟岛，凭借着仙人模式的感知力，感应到了战场所在，当即朝着那里赶去，谁知在中途的时候遇见了前来抓捕九尾的秽土宇智波鼬与长门，由于宇智波鼬把止水的别天神写轮眼送给了叶清，所以他发动万花筒时并没有被改写意志，与长门联手抓捕鸣人，鸣人不甘受戮，九尾模式发动，和鼬、长门三人乱战一通。

而佐助再了解自己的心结后，带着CF小队在前往战场的路上，意外遇到了正在大乱斗的鸣人、鼬与长门，佐助惊奇鼬的存在，于是上前截住鼬并与其交手，其他人也上前参战，协助鸣人对战长门。

鼬看出佐助的心意是在保护木叶，心里十分高兴，一边和其打斗一边回忆，兄弟俩相爱相杀，而经过鼬的述说，让佐助的心彻底的安静下来，他开始晓得鼬的痛苦，以及那种夹在木叶与家族之间的煎熬，终于他为了和平选择牺牲了自家，而只提出了一个要求：保护佐助....

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另一边，叶清也在铁匠明智拓海那里拿到了由雾隐六刀锻造的神兵利器：绯红女皇，长恨刀，天双刃（双），中原无极刀，荆轲战斧，乾坤双环，井中月护腕以及白金丝软鞭。起初叶清准备把这些神兵利器作为风神流武道馆的镇馆之宝传承下去，谁知在几十年后他就改变了注意，因为他遇到了一位来自天邦汉朝的刺客魏延，因为叶清本身就是秦始皇一脉，所以心中念着薪火之情，便将中原无极刀，荆轲战斧，乾坤双环，井中月护腕以及白金丝软鞭统统送给了魏延，让其带回天邦，期间叶清还把释灵玉佩还给了魏延，此为后话，暂且不提。

却说叶清将神兵利器收进写轮眼空间后，便只身前往雨之国，找到了第四次忍界大战的主谋阿飞，表明自己手里有阴九尾，要与阿飞做一次交易，阿飞原本就因为丢了宇智波斑的轮回眼而懊恼，听到叶清的话，当即同意了叶清的条件，因为叶清只是要绝手里的戒指“玄”。

交换之后，叶清便离开了，而阿飞则是召唤出外道魔像把阴之九尾封印掉，虽然少了鸣人体内的阳之九尾，但也已经能够将其复活，威力也比原著大大的提升，阿飞当即带着复活的外道魔像来到战场，发动了有史以来最强大的攻击。

因为缺席了九尾鸣人和八尾奇拉比的缘故，忍者联军被外道魔像的尾兽玉打的死伤惨重，八万忍者联军只剩下不到四万人，还包括伤患、失去战斗力的忍者，但庆幸的是木叶的小强们无一伤亡，就连原本死在这场战争的日向宁次也活着。

叶清眼见战场上双方都消耗的差不多了，便找到了正准备偷袭大和队长的药师兜，发动第二次别天神改写药师兜的意志，并让其解除了秽土转生，然后把他放了——毕竟药师兜其实也是个被团藏玩弄的可怜人。