黑衣组织的剧情大略介绍：第04卷至第06卷

第04卷：

A

动画第129集来自黑衣组织的女子大学教授事件，本书是第04卷第0628章开始。

琴酒的话，石峰保全并不全信，而组织做出的事情明显是针对美好心情财团。

作为回礼，山崎决定夜探基地，不过那里已经人去楼空，而在回来的路上，遇上了一个小女孩，一个人走在路上。

那其实就是雪莉，组织打算把她运走，拿她当小白鼠，她吃下了Aptx4869，结果变小了，逃了出来。

山崎请她上车，她就上了车，然后说是阿笠博士家亲戚的孩子，她在调查工藤新一时，曾经向石峰保全买过阿笠博士的资料，所以在山崎面前说起来，没有破绽。

山崎视她为逃家的问题儿童，没有多管就把她送到阿笠博士家。

阿笠博士收养了灰原，她成为帝丹小学的学生。

灰原把一个用于家居清洁的化学药剂专利交给阿笠博士授权给美好心情财团第一实验室（宫本美子为了保护阿笠博士，让他加入的，不过只是挂名），年收入至少过亿日元，但仍然不够用（灰原的奢侈品也花费巨大）。

灰原借用对面浅井家的地下实验室，帮助浅井香打工做基因克隆方面的实验（浅井香知道柯南是工藤新一，知道灰原与柯南一样，但不知道灰原是雪莉。）

柯南与灰原相遇，假的钱事件后，调查灰原给她姐姐的软盘，但没有发现，因为是证据，警方对软盘进行了检查，而软盘里的电脑病毒就此进入了警视厅的计算机系统潜伏下来。