沈有容晋升源图钦总，守卫浮图谷。在辽东这么多年的军旅生涯中，沈有容发现在辽东兵制，训练，守备等处皆有不少缺陷，升为钦总之后，认为应当负起责任，上书反映此事。提建议本是一件好事，但在明朝做为一员武将去提建议，那便有些不同。上书还算幸运，好像只得了上司的一顿申饬，但他已觉得有些灰心了，上述托疾乞归，但他上司宋可泉置之不理，等待一年也没有结果。后来，沈有容拆了旧公房来盖公馆，被一个与他有隙的同事揭发，才得以解甲归田。不过，他的下一任官员还未到任，只能等待着交接，这时，狂风暴雨从东方吹来，沈有容又迎来了一次机遇。
张居正去世了，“倒张”风潮吹遍了整个大明朝，这种攻击也牵连了张居正生前重视的将领戚继光，“倒张”派们把戚继光视为张居正的同党，欲置之于死地而后快，甚至有人诬陷戚继光给张居正的信件说，“虽夜开中门递进，意欲何为？莫非反状乎？”在此等情况下，兵科给事中张鼎思认为戚继光于闽浙有功，请朝廷把他调往南方，调戚继光任广东总兵官。
这是蓟镇的塞外，由于戚继光的离去，在一定程度上，北边的蒙古诸部又活跃了起来。夷妇大嬖只趁古北口明军放马之机，以600多人抢马171匹，杀尖夜家丁11名，掳去军人17名。七月，小阿卜户入犯黑谷关，杀知名氏者30人，明军掩败为胜。为此总督周咏与巡抚翟秀裳夺俸半年，而刚上任的总兵杨四畏则降一级，在戚继光离开不久便发生了这种十几年未曾见过的百姓被杀被掳，牲畜被抢，连军人也被掳的惨象，真可谓自毁长城。
新任蓟辽总督张家胤为加强蓟镇守卫力量，调沈有容于蓟镇东路，任南兵后营千总，防守燕河，台头二路。仅过几个月，朵颜部首领长昂领兵三千余骑进犯刘家口，“戚老虎去，吾又何惧？”，果然发现蓟镇防御果然漏洞百出，都进入长城好几里地到了刘家口了，仍然未见明军组织什么像样的抵抗。但刘家口却恰恰是沈有容的驻扎之地，这下长昂遇到了克星，由于原来戚继光的防守方针是“谨烽火，远斥侯”，沈有容当夜二更时分闻得警报，仅带家丁及跟役共29人迎敌。沈有容当时应该就与家丁等人住在窝铺之中，身为千总，还亲自守城，真做到了与士卒同甘苦。闻警后，身边虽仅有这29人，但也得迎敌啊！“一出台而射死七十余”，可见，沈有容是使用火器的高手。
鸟铳，是前膛装弹的老式火枪，使用极为繁杂，沈有容以及他的家丁能在夜间使用鸟铳瞬间击毙七十余敌人，实在是很不容易了，没有极为熟练的操作技巧，是铁定做不到的。朵颜部的人还击了，箭矢如雨，这二十九位健卒们都负了箭伤，沈有容也身中二矢，但他们不顾伤势，奋力冲入敌阵，拼死砍杀。朵颜长昂因黑夜不辨明军人数，又因上一次大败的余悸，下令撤退了。
当时，兵部说：“蓟镇修筑台墙，原以匹马不入为功。贼夷拆墙进边，守台官军若罔闻，防守何在？”为严肃军纪，主兵把总李养性及传烽守台官兵周养珠等十人皆被枭首传示，还有八人受军棍不过而亡。唯独沈有容以首功得到了赏赐及对兵部的推荐，沈有容“由是知名”，这一战，才是他军旅生涯的真正开始。
在福建沿海辛劳奔驰十多年的沈有容，终于得以调往浙江升任参将，福建巡抚想要沈有容留下，福建的百姓们也说：“吾侪得再借将军高枕矣。”但沈有容因为十余年没有回家看望老迈的母亲，想要借去浙江任职的机会顺便回乡，就谢绝了。沈有容在浙江任职两年，得到母亲去世的消息，十分伤心，当天便弃官而去，也没等上司批准他丁忧。
此时，倭寇、海盗交相为害，宁波、绍兴、台州、温州都受到了严重破坏。宁波、温州两处参将都被降级、提问，只有沈有容因为在路上堵截得了首功题叙，所以秋天调任天津海防游击，浙江巡抚高举见到邸报后，将沈有容留在温、处，没有去成。
有三只船进入沈有容防守的凤凰洋，因言语不通，沈有容通过写汉字来问，才知道是安南商人裴光袍的商队，遇到风暴，飘至此地。但沈有容手下数十人，却想将这一百二十九人当作倭寇杀了报功，并跪下求沈有容允许，沈有容坚持不允，并下令：“杀一夷者，即戮以徇”，众将士才稍稍安定下来。沈有容将此事上报朝廷，安南商队等候上谕的九个多月，衣食全都是沈有容供给的。考虑到陆行迟缓，特别派了三艘兵船护送他们到了广东，然后交接给广西巡抚送回安南。事后，沈有容认为此事“逾于平生辛苦战功十倍”。但不久，就有人诬告沈有容纳贿，沈有容无奈乞归，一年八请，才得以还乡。
日本“村山舰队”入侵台湾，由于日本当时并没有实力大举入侵明朝，所以就转向侵略朝鲜、琉球，在朝鲜的军事行动虽然失败，但日本却控制了琉球，并想继续南进，吞并台湾。沈有容复职，黄承玄派太宁道林茂槐亲自到沈有容家聘请他，沈有容认为黄承玄大度，可以任人，所以重新回到福建，黄承玄当即任命他为水标参军。
明石道友奉村山等安之命，以送回董伯起为名，携带礼物及上明朝表章一道，停泊在福建王崎澳，要求恢复通商。黄承玄命沈有容出抚，明石道友与董伯起、通事高子美前来。明石道友当时未曾佩刀，沈有容问：“汝何不佩刀？”明石道友答道：“不敢！”沈有容亲自取来一把太刀给他配上，明石道友感激欲死，因为佩刀毕竟是武士的象征，明石道友呈上表文，沈有容因不合体制而却之，只带着董伯起与其他几名一起送归的人回到福建。后来，福建海道副使韩仲雍在接待明石道友之时，对日本的侵略行为进行了严厉的责问，并警告日本“汝若恋住东蕃，则我寸板不许过海，寸丝难过蕃”，明确指出不许日本涉足台湾。
明石道友还未离开，桃烟门又率领三艘战船、倭寇百余人进犯浙江，打破了浙江的一艘兵船，杀了十几名浙兵，又流窜到福建沿海，掳掠了二十余人。他们在驶进东沙白犬澳时，触礁搁浅，只好在此地“搭寮楼住”，欲夺船归。黄承玄得到消息后，将此事全权交给了沈有容负责。沈有容三路围困，用大炮仰攻，焚毁了倭寇的房舍与积聚，但倭寇依然“挥刃装铳，意在拼死突围”，把总何承亮欲要进攻，沈有容说：“困兽难迫，且多礁石，易损舟。彼藏礁石间待我，必大损兵，不如诱而擒之便。”
于是，派遣精通日语的王居华前往晓谕：“汝辈命在须臾；若未有犯唐罪过，分剖明白，或尚可觊一线生路！”并说明石道友已经受抚。桃烟门颇为意动，正在犹豫。次日，有倭寇率大乌船一只、渔船两只前来救援，沈有容“麾率官兵奋力冲攻，戈船飙集、火器雷震”，三船立沉。桃烟门见突围无望，就说：“有道友书来，即从。”明石道友“亦丑其类”，写了书信交给了沈有容，桃烟门等人见了明石道友的书信，便投降了，但有部分顽固分子选择了自杀。
沈有容擒获六十九人，斩了其中两名汉奸，然后分属于诸将报功，此役未伤一名明军。董应举听闻后，叹息道：“东沙之役，某生六十一矣，未见有此不伤一卒、不折半矢、不糜斗粮、不旷时日，去如振叶、归若系豚，捷速而完，功难而易；就使俞、戚再生，亦当首肯矣。”并在今连江县东莒岛西南隅的山崖旁亲自为沈有容书写了题名碑，原文为“万历强梧大荒落，地腊后挟日，宣州沈君有容获生倭六十九名于东沙之山，不伤一卒，闽人董应举题此。”
那些嫉妒沈有容大功的人跳了出来，认为计擒倭寇是不对的，容易引起倭人的报复，朝廷竟然认为桃烟门不过是过境商人，并未将他们当作倭寇处理。沈有容他们不仅没有得到奖赏，反而又冒功之嫌，黄承玄竟也因此事而移镇，沈有容于是拂衣而归。后来，这些倭寇又行作乱，沈有容之功才得以大白，但那已是沈有容回乡几个月之后的事了。
沈有容在海坛待了一小段时间后，金学曾把他调到了浯铜。浯铜此地乃“吃空额”的渊蔽，沈有容赴任后，“痛洗夙弊，鼓舞士卒”，革除了此弊，提升了士卒的士气。正因为如此，福建各个水寨巡逻兵船多有被倭寇劫掠的，只有沈有容一军擒倭寇十八名，斩首十二级。为了防止又有所抬头的倭患，福建兴泉道的王岵云提议招募巡逻兵800人，商船24只分为二哨，令沈有容统帅其中之一。沈有容得到这股生力军后，马上出海巡逻，直到与广东交界的地方，与一股倭寇相遇，“斩首三十二级，夺回南澳捕盗张京兵船一只”，立了大功。但有官员因为沈有容没将此船物归原主，所以陷害他说：这艘船上，那些所谓被倭寇杀的士卒，都是沈有容为了报功自己杀的，如果此罪坐实，那沈有容就不仅是革职查办的问题了。好在金学曾明察，洗刷了沈有容的冤屈。但因为此事的影响，沈有容前五年等于白干了，没能得到升迁。