雷震景德门，时皇帝宠信后宫，弄权误国，朝纲废弛，袁可立再次上疏：“礼祀不亲，朝讲未视，章奏不以时批答，废弃不皆录用，传造日增，赏罚日滥，非所以尽修省之实。”又尖锐指出时局之艰危：“西虏跳梁，播酋负固东海，倭患未熄，中原灾害频仍”，并直接把矛头指向万历帝：“郊视不亲，朝讲久废。章奏之批答不时，宫府之赏罚互异，叙迁有转石之艰，征敛有竭泽之怨。是非倒置，贤奸混淆。使忠者含冤，直者抱愤，岂应天之实乎？”疏上，触帝怒，继忤次辅沈一贯，降三级调外任用，因吏部疏捄，奉降杂职边方用，因辅臣疏捄，奉旨革职为民，将袁可立削职为民，沉冤达二十六年之久，史称“震门之冤”。
朝中大臣为袁可立鸣冤者十数年不绝，二十六年间，三次即家征召“御史”，并不赴，终万历一朝不复出。罢官期间，袁可立与文友结联诗社，教化地方，礼贤父老，调停事务，代民请减赋税徭役，与同里大司农李汝华丈量厘清睢州田赋。力请大修睢郡城池，自此新旧两城屹立如金汤，贼不敢窥。睢阳卫战败而亡，其子袁枢赖此城破家募勇御顽敌，完保睢城一郡生灵。“新旧二城，大司马创修之，小司农保全之，袁氏世德其忍谖乎！’”
福王朱常洵就藩洛阳，睢泒夫至五百四十名，外加协济三百名。公曰：‘民力竭矣’。即白之卫辉何守。寻得减免，人人感恱。袁可立罢官后从不出入公府，这次亲自出面去卫辉府为睢州百姓求情，足可见睢州百姓不堪承受之重。
袁可立沉冤得以昭雪，起尚宝司司丞，升本司少卿，奉旨遣祭历代帝王及孔子祖陵，奉命回河南祭告山陵，在河南睢州家里就地晋升太仆寺少卿。泰昌帝嘉奖道：“一朝抗疏，二纪归田。口不言事，耻汉人部党之名；退不忘君，有楚尹毁家之风”。
封疆多事，辽沈、广宁相继失守，全辽沦陷，人人视关门为死地，百官噤口以图自保。袁可立祭告山陵回京，向天启皇帝大胆提出七项建议：“一收残兵，以省调募。河西之兵虽败，关外残兵瓦解云散者不下数万，宜收其残，省调募西兵便。若拒之不纳，必为虏用，是籍兵也。近复议调西兵，旷日持久，何资涸辙，宜数容其入，驭以威，稍汰老弱，收转败为功之效。
一出奇兵，以图制胜。闻敌令妇女乘城，骁悍皆赴利以犯我，宜会兵捣之，踏其虚，可夹击也。宜急勅登莱抚臣督兵过海，乘虚捣，绝其饷道，使力有所分，不敢乘胜深入。法曰：攻其必捄也。
一明赏罚，以振法纪。若监军道高出不致死，以带甲数万窜，不宜从熊廷弼之请复使监军，令怠玩而忘其死。况廷弼曲怙，贺世贤何法纪之有？则熊廷弼、高出之头可斩也。威克厥爱，兵家所违。且论劾廷弼之臣反褫其职，国法谓何？所当急斩逃臣，还逐臣。则赏罚大明，而戡乱之策可次第举也。
一慎防守，以固封疆。寻诸者言，敌与西合一片石。桃林古北喜峰诸隘口，公奏宜守御筑墉。河西既失，则之门户当严。本兵既出视师，当遂驻镇，调集附近诸军列营口外。又自抵都门，置重兵数处势相联络，如常山率然以便策应，则藩屏固而神京可以不摇也。
一实京营，以固根本。养马增士卒，习骑射。至于京营，老弱虚冒不宜缓综。按籍而数之，营兵不可谓不多矣。然为役占为包揽，聚如乌合，散若鱼惊，其精强可用者十之一二耳。宜及此设法核其实数，分为上、中二，严加训练。上者以战，中者以守。饷以因之，庶缓急可赖也。
一多储资粮，以防未然。笼天下盐铁之利，则军帅无侵渔，逴行无绝饷，而中国可高枕矣。城守之计，以食为本，则粮饷之储不可不预目。今宜寻访于忠肃公故事，通州之储悉运入京师。而又谕令在京勋戚巨室之家各庄盖藏，母置城外。即有不测，城守固矣！
一破格用人，以期实用。图复建骠骑之功，以佐悬官之空乏。自东事屡败，而文臣武臣相继陷没，主爵者苦于无人可用。臣□读圣谕，以公侯悬赏，欲得出奇建功之人，洋洋圣谟，急于求才矣！然是出奇建功之人，况下僚伏，草莽如田畴、魏胜者更夫不少，若循资以求，则真才安得脱颖而出？今吏、兵二部宜出招贤文榜，令各陈所长，赴部实騐，果异赝鼎，列名上闻，群策并举，无难灭矣。”疏上，帝一一嘉纳允行。
擢通政使司左通政署司事，与首辅叶向高等二十人“充廷试读卷官，侍经筵。”取倪元璐、黄道周、王铎等三十六人为翰林院庶吉士。这年的袁可立除了和孙承宗一道担任殿试考官外，还以左通政代通政使身份成为天启皇帝侍班帝师，“君臣之间有聚会精神之美，有意谕色授之益”，这为日后袁可立出镇登莱、晋位中枢奠定了基础。
后金占领辽东半岛及沿海岛屿后，对明朝的威胁日趋严重，有识之士纷纷出谋献策：“登莱惟北岸旅顺口，实咽喉总区，诚宜得一大将，量提水陆兵驻扎。”此时的登莱，已成了与后金占领的辽南一水相隔的前沿，担负起了光复辽东的重任，同时也是辽海前线的后勤转输和练兵基地，而首任登莱巡抚陶郎先则刚刚因贪赃被免，辽东经略袁应泰自杀，熊廷弼和巡抚王化贞遭逮捕论死。朝野震动，京师戒严。天启帝日夜为边事所忧，先后将孙承宗和袁可立两位帝师忍痛推出赴边，以“弹压登莱非公不可，于是以节钺授公。”加左通政袁可立右佥都御史“巡抚登莱等处地方备兵防海赞理征东军务”。
袁可立拜命就道，从河南睢州出发路经金乡就遇到白莲乱军，袁可立带领家丁冠带披甲直冲敌垒，连自己60岁的夫人都亲上战场擂鼓助阵。“公填抚登镇，适莲妖东奴交讧，而夫人从公戎马，亲抱桴鼓不以为惧。”“公出登莱时，莲贼初在金乡，猝与遇，单骑麾之，败麇散去，徐用登师捣其后，是以有兖东之功。”袁可立传檄发登兵七千余名与山东巡抚赵彦调兵剿而抚之，严缉首者，胁从不问，令流民各自还乡生产。
袁可立抚登三载，坐临登莱，开创东江，厉兵秣马，练兵用戚继光“水军先习陆战”之法，积有战船四千艘，组成了一支五万余人的水师陆战军队，与枢辅孙承宗、津抚李邦华、毕自严、总兵毛文龙、沈有容等戮力策应。“一方豪杰皆在老公祖幕下，士气自倍，人心自归。”而兵戎之盛甚称规模：“划城一面，出纳战舰，黄龙青雀，首尾相接，万橹千帆，簇簇其中。”
袁可立锐意规划，整肃军纪，操练水师，打造战舰。沿海增置炮台，形成“百里棋布，鼎足传烽”的犄角之势，使登莱武备大为增强，成为辽东前线的海岛基地，确保了明朝沿海疆域一带的平安，并大大牵制削弱了后金对明山海关一带的战斗力。
袁可立拓地筑城，招集安置大量逃难流民，屯兵各岛间，步步向前推进海上防御，使具有雄才大略的努尔哈赤就地蜷缩无以西窥。“时白莲妖人徐鸿儒猖獗于西，毛文龙跋扈于北，高丽亦不靖，征调繁兴所在惊惶。可立筹划镇定之，民得安堵”。
袁可立抚登期间，市农工商安居乐业。小海沿岸水榭遍布，歌乐之声，通宵达旦。在袁可立的治下，一时出现了“峰顶通望处，逐设烟墩，屯田农幕，处处相望，商船战舰之抛泊近岸者不知其数”的繁荣整饬景象。有明一代，登莱巡抚计十四任，袁可立最有作为，是唯一被列入登州名宦祠的登莱巡抚，造就了登州水城的兵戎最盛时期。
首辅孔贞运赞叹道：“读大司马节寰袁公抚登章奏，知老成御侮，其绸缪定倾如此”。抚登数载，“海无传烽，亭有息鼓”。皇帝嘉奖道：“兵部右侍郎兼都察院右佥都御史袁可立，清任以和，直方而大；精神折冲于千里，文武为宪于万邦。”枢辅孙承宗评价道：“读后先大疏，皎皎揭日月，行中天而底里洞彻，殊令人可味，可展布四体，仰酬国恩。”
袁可立受命赞理东征军务，备兵防海，“节制两镇，凡一应兵马钱粮、征收调遣、防剿功罪尽归经理”。当其之时，一方豪杰皆在老公祖幕下，他运筹帷幄，节制悍将毛文龙、指挥大将沈有容和张盘飞船往来攻袭于辽海各岛间，战线绵延至千余里，多次挫败后金对明朝沿海一带的侵扰。
袁可立利用地震的“示警”作用再次向朝廷奏报，要求拨付足够的费用修战舰，备器械，预筹毛帅之接济，更呼吸岛帅毛文龙，驶千帆继其糒。时后金“出没于长山、旅顺间，漕艘贾舶多为所梗。”袁可立在“去鼍矶岛四百里”的水域广布水师，“逾铁山联广鹿岛”，又“于皇城岛设参将、守备各一员，练兵三千，以为登莱外薮。又设游兵两营，飞樯往来策应于广鹿诸岛。制炮设墩，旌旗相望。”又设南游、北游两营，各分讯地，侦逻于广鹿诸岛之间，时东时西，忽远忽近，使敌望之不知所攻，亦不知所守，因劳为逸，反客为主，布帆草筏于是绝迹。如遇运艘经过，便当拨兵防护，期保无虞，从此琉球、朝鲜海运得通，开创了中国军队国际护航的先河历史。