道光皇帝死后，皇四子奕詝继位，即咸丰皇帝。咸丰皇帝对曾国藩的圣眷远不如道光皇帝，他登基初期最倚重曾国藩的一个差事，就是会审琦善。会审琦善是怎么回事呢？为什么特别要提一提这件事呢？容我慢慢道来。
一
琦善，满洲正黄旗人，博尔济吉特氏，字静庵。
道光二十年（公元1840年），琦善在直隶总督任上对林则徐禁烟产生不满，上奏道光皇帝，诬蔑林则徐在禁烟一事上措置失当，力主妥协投降。道光皇帝迫于英军的坚船利炮，只好将林则徐革职并遣戍新疆，同时调琦善为钦差大臣，赴广东与英军议和。
琦善同英国人谈判琦善为了讨好英军，一到广州便遣散水勇、拆除海防，使得英军更加肆无忌惮，还逼他瞒着道光皇帝签订了《穿鼻草约》，并私许割让香港，开放广州，赔偿烟价六百万银圆，给大清造成了无法弥补的巨大损失。尽管私订条约一事终被广东巡抚瓜尔佳·怡良揭发暴露，琦善被革职拿问，但香港被英人拿去还是成了事实。
两年后，琦善给穆彰阿送了十万两白银，又被道光皇帝起用，并且很快委以驻藏大臣、四川总督等重任。道光二十八年（公元1848年），琦善更是春风得意，不仅恢复了世袭侯爵，还调任陕甘总督、署青海办事大臣。在此期间，琦善把自己媚外的本领施展得淋漓尽致——真是洋人要地皮就给地皮，要银圆就给银圆，把青海、新疆、宁夏、西藏，弄得个乌七八糟。
偏偏这时候，道光皇帝病魔缠身，有时连看折子的气力都没有，国事全部依赖穆彰阿来办理。于是琦善又因为番事办得得力而升授协办大学士，堂而皇之地入阁拜相了。
琦善有一个特点，就是在洋人面前全无精气神，而面对百姓时，他不仅狠，而且恨。如果有百姓偷了洋人的一点儿东西，他不仅要杀百姓本人，还务必要灭那人的九族。可以说，当地百姓在他心目中一丝地位也没有，这就激起了新疆萨拉回民的不满。
琦善起初根本没把这些回民当一回事，只让辖下的将军、提督们带了一二千人去“征剿”。哪知往来“征剿”了几次，萨拉回民不仅没有被剿灭，反而越剿越多，连带得整个新疆都动乱了。他这才怕了，亲自点了五千人马，也不报告皇上，径自去“追剿”了。但是第一仗就被萨拉回民打了个屁滚尿流，所幸人员伤亡不大。
琦善这才知道，萨拉回民不仅悍勇，而且很会打仗。但琦善是绝不甘心背个吃败仗的名声的，两手空空地回去也不好看。于是他一声令下，杀起无辜的回民来。连着血洗了三四个村庄，杀了上千人，牛羊也掠了一些，这才回营声称凯旋。一连几天，又是摆庆功酒，又是给皇上开具长长的保举单，很是热闹。
新疆的无辜回民百姓气不过，就联名告到宁夏将军萨迎阿那里。萨迎阿是归琦善节制的，他怎么敢惹琦中堂呢？只好一封折子，夹着万人联名状，用八百里快骑送进了京城。
咸丰皇帝一见萨迎阿的折子，仿佛一下子掉进了冰窟里。广西已经闹得人仰马翻，新疆不能再出乱子了。咸丰皇帝立时下旨，著萨迎阿严查密访，如属实，立马报京。
萨迎阿不敢耽搁，连夜行动，很快就将此事查实：琦中堂凯旋是假，乱杀无辜是真。于是将此事飞马报京。咸丰皇帝接折大怒，下旨将琦善革职，所遗陕甘总督一缺由萨迎阿暂署，著萨迎阿差人将琦善押解进京，候审问罪。
咸丰皇帝决定通过会审琦善，把已经陷入低谷的朝纲重新振作起来。当时，咸丰皇帝对诸王、大臣们说得最多的一句话是：“王子犯法与庶民同罪。”他把事情想得太简单了，但曾国藩还是通过咸丰帝对待琦善的态度，看出了大清重新崛起的希望。
二
清代的官吏等级制度沿用了自汉魏六朝以来的“九品十八级”基本制度，每一品有正、从之别，不在十八级以内的叫作未入流。此外还设有超品的：公、侯、伯、子、男。
此时琦善已经官至超品，虽被革职，但世袭的侯爵尚在。三法司会审一名侯爵大学士，这在大清还是首次。三法司会审琦善，变成了琦善审理三法司。因为琦善是侯爵，审他的人没有一个超过他的。他一上堂，众官员赶紧给他放座、敬茶，然后全都站起来，又是施礼，又是问安。这样一来，这案子还怎么审？
琦善本人在大堂上也非常嚣张，大放厥词道：“老夫受皇上指派，坐镇陕甘两年，保得外夷不侵、百姓平安！新疆、西藏乱民叛乱，全因萨迎阿不理军事，一味在府中饮酒行乐。他现在反诬老夫一身不是，老夫如何得服？”反告萨迎阿蛊惑皇上，要与他在君前对质。
主审官员把结果往上一报，自认为聪明无比的咸丰皇帝也蒙了。穆彰阿主张，不要搞三法司会审了，由皇帝下一道圣旨，把琦善直接定罪得了。但咸丰皇帝为了体现司法公正，也是想让祖上立有大功的琦善心服口服，没有采纳穆彰阿的建议，还想来次会审。
曾国藩得知三法司会审的闹剧后，当即上折指出：“琦善虽位至将相，然既奉旨查办，则研鞫乃其职分。如其不然，将来大员有罪，谁敢过问者？”
不久，咸丰皇帝的圣谕便下到礼部：“著曾国藩即日起兼署刑部右侍郎，望该侍郎忠诚为国，一心为公。钦此。”曾国藩此时的职衔与署衔有：实授礼部右侍郎，署兵部侍郎，署工部侍郎，署刑部侍郎。
曾国藩依老例到勤政殿具折谢恩，得蒙召见。咸丰皇帝告诉曾国藩：“朕让你兼署刑部侍郎，是想让你主审琦善。刑部能管得民，就能管得官，就能管得公、侯！曾国藩，你是先皇比较倚重的老臣，朕交办的事，你就大胆去办。”
曾国藩对咸丰皇帝说：“臣不敢抗旨不遵。但臣以为，皇上对琦善完全可以依老例。如证据确凿，或革职，或充军，下道谕旨就行了，何必非要三法司会审不可？”
咸丰皇帝想了想道：“琦善祖辈有功***，琦善也是本朝的老臣。他这个年纪，早该回京享清福了！可琦善仍然替朕镇守着边关。像这样享大位、有大功的人，只凭朕的一旨决断，不是太草率了吗？”