到祁门的当日，李鸿章骑马对祁门的地形做了一番考察，这才肯定是大清国的地图错了。
李鸿章急忙来见曾国藩。
李鸿章说：按图上所示，祁门一面环水，三面有路，乃通达开阔之地。其实不然。我骑马绕祁门走了一大圈，发现这里一面环水不错，但两面靠山，只有一条大路供行人进出。朝廷把督署建在祁门，实际是上了地图的当了！
曾国藩不相信，让李鸿章午后陪他走一圈。
李鸿章心下有些不快，但口里还是极爽快地答应了。
地形作为战争中必须考虑的核心因素之一，它的有利与否，一定程度上将决定着战争的走向。而祁门两面靠山，一面环水，只有一面有大路，熟识兵法的人都知道，这样的地形易攻难守，作为大军驻扎之地极为不妥。
踏勘地形回来，曾国藩久久不语。
他问李鸿章：依你之见，大营建在何处最为妥帖？
李鸿章答：大营建在东流方为万全之策。东流地域开阔，进可攻，退可守。
但曾国藩不想抗旨，他认为祁门靠近屯溪，而屯溪又是江西、浙江、安徽三省的咽喉。驻扎祁门，可扼三省。
李鸿章劝曾国藩三思，曾国藩坚持不动。
李鸿章从军事作战的角度，建议移师东流；而曾国藩手握圣职，坚持驻扎祁门。曾国藩的坚持让李鸿章很失望。李鸿章无奈，只好以家母病重为由，离开了军营。
李鸿章离开祁门不久，太平军便兵分四路突破几道防线，围向祁门。祁门大营当时只有亲兵营及文武随员约两千人。
太平军逼近祁门的消息传来，不仅幕僚闻之失色，连一贯沉稳的曾国藩，也惊得目瞪口呆。
曾国藩飞调正在安徽作战的曾国荃、鲍超两路人马回援。曾国荃、鲍超二军在回援的途中，分别被太平军重兵阻击。
祁门的上空阴霾重重，百姓纷纷出逃，军心动荡。曾国藩一面出榜安民，一面忙着料理后事，他已经嗅到了死亡的气息。所幸鲍超的霆军比太平军早半天赶到祁门，曾国藩这才幸免于难。
曾国藩不得不佩服李鸿章的敏锐和先见之明。而在倡开厘捐一事上，曾国藩从李鸿章的身上，切切实实感受到了一股不可遏制的力量。这股力量能使湘军在短时间内强大起来，并成为大清国无可替代的重要军系。
倡开厘捐，是说曾国藩的湘军粮饷接济不上时，是李鸿章建议，奏请朝廷在江西等地设卡抽丁，靠此度过了危机。
不久，曾国藩移师东流。到东流的当日，曾国藩即给李鸿章飞递札委，命其就地募勇五营以备调用。
四
咸丰三年（公元1853年），已经三十三岁的李元度投笔从戎，加入曾国藩的湘军，深得曾国藩赏识，在湖南靖港、江西湖口期间，曾两救曾国藩。两人不仅是很好的朋友，李元度更是曾国藩的救命恩人。咸丰十年（公元1860年），李元度奉曾国藩命令守卫祁门的门户徽州，太平军十万大军攻城，徽州失守。
徽州失守，守将就是李元度。曾国藩在事后为《周天受殉节请恤折》中，说李元度“躁扰愎谏，既不稳修营垒，又不坚守待援，仅守一昼夜而溃。贻误大局，责无可辞”。“相应请旨，将李元度革职拿问，以示惩儆。”朝廷于是命曾国藩就近查办。
哪知道这个李元度并不静候审讯，竟然擅自回籍了。回籍之后，他通过浙江候补道邓辅纶，请求浙江巡抚王有龄奏调赴浙。王有龄于是奏请调李元度到浙江差委、任用。朝廷于是给曾国藩下旨：“已革徽宁池太道李元度，著曾国藩饬令前赴浙江交瑞昌、王有龄差遣委用，其应得罪名，仍著曾国藩查办。”但李元度并没有来见曾国藩，而是在原籍又拉起一支队伍，取名“安越军”，浩浩荡荡开进浙江。不久，先是官文受王有龄说情，让朝廷赏还了李元度按察使衔，很快又给曾国藩单独下旨，征求曾国藩的意见：“李元度著赏加布政使衔，其徽州失守之案，应否免其查办。”
据说，收到一连串的圣旨后，曾国藩仍要弹劾李元度，并让李鸿章起稿。李鸿章不仅不应命，还劝曾国藩放过李元度，说李元度在曾国藩最困难的时候有恩于曾，曾国藩则认为私情不能代替军纪，坚持弹劾。见曾国藩如此固执，李鸿章说：“果必奏劾，门生不敢拟稿。”曾国藩很果断地回答：“我自属稿。”李鸿章表示：“若此，则门生亦将告辞，不能留待矣。”曾国藩生气地说：“听君之便。”于是李鸿章扬长而去，离开曾幕，前往江西准备独自闯荡一番。此事使曾大为恼火，认为李鸿章不明大义，不达事理，在自己困难时借故离去，得出“此君难与共患难”的结论。
按照时间比对，这也是一桩虚拟出来的故事。因为曾国藩上《参李元度片》的时间是同治元年二月二十三日，那时李鸿章已经是淮军统帅。曾国藩怎么可能还让他起草奏稿呢？
以上几个事例，很容易让人产生一种错觉，仿佛李鸿章到了曾国藩身边以后，不是他从曾国藩身上学到了什么，而是曾国藩从他身上学到了很多。
据李鸿章后来同曾纪泽的女婿吴永讲，曾国藩生活极有规律，天天都要起床查营，然后与幕僚共进早餐，或谈一天工作安排或说一会儿闲话。李鸿章初到时，对这些都很不习惯，天天都想多睡一会儿。但曾国藩每次都等他到后才开饭。有一次曾国藩对李鸿章说：“少荃，既入我幕，我有言相告，此处所尚，惟一‘诚’字而已。”
李鸿章后来回忆说：
在营中时，我老师总要等我辈大家同时吃饭。饭罢后，即围坐谈论，证经论史，娓娓不倦，都是于学问经济有益实用的话。吃一顿饭，胜过上一回课。
吴永把李鸿章的这段话记录到《庚子西狩丛谈》里。吴永是曾纪泽的女婿，和李鸿章走得很近。
从咸丰八年到咸丰十一年末，李鸿章在曾国藩身边整整三年。在这三年里，李鸿章虽然是寄人篱下，但对他本人来说，却是他宦海生涯中极其关键的三年。没有这三年的磨炼，李鸿章的思想不可能成熟得那么快；没有这三年的朝夕相处，曾国藩不可能把江苏交给他。
曾国藩可能自己都没有想到，他在把江苏交给李鸿章的同时，也把大清国的后几十年，都交给了他。
李鸿章带领淮勇来到安庆的那一刻起，属于他自己的时代才算真正开始。